องค์การค้าของ สกสค. เดิมชื่อ องค์การค้าของคุรุสภา ถือกำเนิดจากพระราชบัญญัติครู พ.ศ. 2488 มาตรา 4 และมาตรา 5 โดยมาตรา 4 บัญญัติว่า “ให้มีสภาในกระทรวงศึกษาธิการ เรียกว่า “คุรุสภา” และให้สภานี้เป็นนิติบุคคล” มาตรา 5 บัญญัติว่า “คุรุสภาอาจมีรายได้ดังต่อไปนี้ (3) เงินผลประโยชน์ต่าง ๆ จากการลงทุน และการจัดตั้งองค์การจัดหาผลประโยชน์ของคุรุสภา” จากมาตรา 4 และมาตรา 5 (3) ดังกล่าว กระทรวงศึกษาธิการจึงได้โอนร้านศึกษาภัณฑ์พาณิชย์ในสังกัดกรมสามัญศึกษา ตั้งอยู่ที่ถนนราชดำเนินกลางมุมถนนด้านอนุสาวรีย์ประชาธิปไตยและโรงเรียนช่างพิมพ์วัดสังเวชวิศยารามในสังกัดกรมอาชีวศึกษา ตั้งอยู่ที่ข้างป้อมพระสุเมรุ บางลำพู มาให้คุรุสภาดำเนินการ

องค์การค้าของคุรุสภายึดมั่นและปฏิบัติภารกิจตามวัตถุประสงค์หลักในการจัดตั้งด้วยดีตลอดมาจนถึงปัจจุบัน ดำเนินกิจการโดยมิได้มุ่งหวังกำไรสูงสุด และไม่ได้รับเงินอุดหนุนในการดำเนินงานจากรัฐบาลหรือหน่วยงานใด แต่สามารถดำเนินกิจการจนมีผลกำไรจึงได้จัดสรรเงินจากผลกำไรสุทธิของการดำเนินงานไม่น้อยกว่าร้อยละ 20 ให้กับคุรุสภา ตั้งแต่ พ.ศ. 2495 เป็นต้นมา เพื่อสนับสนุนกิจกรรมของคุรุสภา และจัดสรรอีกส่วนหนึ่งให้กับหน่วยงานในสังกัดกระทรวงศึกษาธิการควบคู่กัน

ต่อมาพระราชบัญญัติสภาครูและบุคลากรทางการศึกษา พ.ศ. 2546 ในบทเฉพาะกาลมาตรา 83 กำหนดให้โอนองค์การค้าของคุรุสภา ไปเป็นของสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมสวัสดิการและสวัสดิภาพครูและบุคลากรทางการศึกษา และกำหนดให้มีการปรับปรุงการบริหารจัดการองค์การค้าของคุรุสภาให้สอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลง และมีประสิทธิภาพสามารถแข่งขันอย่างเสรีได้ องค์การค้าของคุรุสภาจึงได้ใช้ชื่อใหม่ว่า “องค์การค้าของสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมสวัสดิการและสวัสดิภาพครูและบุคลากรทางการศึกษา” หรือ “องค์การค้าของ สกสค.” และยังคงดำรงวัตถุประสงค์หลักในการส่งเสริมและสนับสนุนการจัดการศึกษาของกระทรวงศึกษาธิการในเรื่องหนังสือ สื่อการเรียนการสอน วัสดุอุปกรณ์การศึกษา และเรื่องอื่นที่เกี่ยวข้องกับการจัดการศึกษาต่อไป